ПРЕДСКАЗАНИЕ EVT6-NTRK3-ЗАВИСИМОГО ПАПИЛЛЯРНОГО РАКА ЩИТОВИДНОЙ ЖЕЛЕЗЫ НА ОСНОВЕ МАЛОГО ТРАНСКРИПТОМНОГО ПРОФИЛЯ (680,00 руб.)

Первый автор	Кечин
Авторы	Иванов А.А., Кель А.Э., Калмыков А.С., Оскорбин И.П., Боярских У.А., Храпов Е.А., Бахарев С.Ю., Оськина Н.А., Самуйленкова О.В., Вихлянов И.В., Кушлинский Н.Е., Филипенко М.Л.
Страниц	6

ID	785125
Аннотация	Солидные опухоли, возникающие в результате онкогенной стимуляции химерными белками рецепторов нейротрофинов (TRK), представляют группу редких опухолей различной локализации, отвечающих на терапию таргетными препаратами — энтректинибом и ларотректинибом. Стандартом выявления химерных генов TRK считается высокопроизводительное секвенирование с определением структуры химерного транскрипта. Мы предположили, что химерный тирозинкиназный белок может определять специфический транскриптомный профиль опухолевых клеток. Выявляли дифференциально-экспрессирующиеся гены, на основе кото рых можно отличить TRK-зависимый папиллярный рак щитовидной железы (РЩЖ) от других молекулярных вариантов этого типа опухоли. С помощью ОТ-ПЦР нами выявлено 7 образцов папиллярного РЩЖ, несущих перестройку генов EVT6- NTRK3 (7 из 215 образцов, 3.26%). Используя машинное обучение, на данных, извлечённых из TCGA, построили функцию предсказания наличия перестройки в генах NTRK на основе экспрессии генов AUTS2, DTNA, ERBB4, HDAC1, IGF1, KDR, NTRK1, PASK, PPP2R5B, PRSS1. С её использованием проана лизировали данные экспрессии перечисленных генов в 7 TRK-зависимых и 10 TRK-независимых образцах РЩЖ, полученных с помощью ОТ-ПЦР. На тестовой выборке образцов из TCGA чувствительность составила 72.7%, специфичность — 99.6%; на независимой выборке образцов, проверенных с помощью ОТ-ПЦР, — чувствительность 100%, специфичность 70%. Предложен профиль мРНК 10 генов, который может классифицировать РЩЖ в отношении наличия драйверных NTRK-химерных генов TRK с приемлемой чувствительностью и специфичностью.

ПРЕДСКАЗАНИЕ EVT6-NTRK3-ЗАВИСИМОГО ПАПИЛЛЯРНОГО РАКА ЩИТОВИДНОЙ ЖЕЛЕЗЫ НА ОСНОВЕ МАЛОГО ТРАНСКРИПТОМНОГО ПРОФИЛЯ / А.А. Кечин [и др.] // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины .— 2022 .— №2 .— С. 231-236 .— URL: https://rucont.ru/efd/785125 (дата обращения: 11.05.2025)